福建医科大学附属协和医院神经外科由杨卫忠教授重建于1989年，是福建省临床重点专科，是福建医科大学重点学科，是福建省一流的神经外科临床医疗、教学、科研和人才培训中心，是全国神经外科继续教育基地之一，也是福建省神经外科研究所挂靠单位，还是福建省神经外科最早招收硕士、博士研究生单位。

科室在福建省最早建立了现代神经外科微创诊疗技术平台和福建省神经外科基础与临床的培训基地。目前该科已发展成为一个以中青年科技人员为主，人才梯队和专业结构合理，医疗、教学、科研总体实力处于全省领先地位，在省内外享有盛誉的学科。神经外科共有床位132张，其中本部76张，平潭分院44张，西院12张。

神经外科设有独立的两个病区，现有各级医师30人，取得博士学位的有9人，其中留学归国博士5人，中级职称的医生有7人，初级职称的医生有5人，返聘医生1人，博士生导师2人，硕士生导师8人。

神经外科始终瞄准国际学术前沿，紧跟国内外神经外科发展趋势，以微创神经外科为发展方向，分为颅脑外伤、脑血管病、神经肿瘤、功能神经外科、脊柱脊髓疾病、小儿神经外科、神经介入治疗、立体定向放射外科、神经重症疾病专业组等亚专业组。每年完成各类手术约3000台。

其中择期手术占90%，三四级手术占3/4，高难度手术占1/3，三、四级手术量及CMI值均位于全省领先水平，除胶质瘤手术全切率在85%-90%外，良性肿瘤的全切除率达98%，并经CT或MR复查所证实预后及生存质量好，疗效达到国内先进水平。

神经外科以国际一流的装备和管理确保病人的治疗效果，全体员工严谨求实，精益求精，开拓进取，勇于创新，临床、教学、科研均处于本学科领域的前沿。

科室目前已经举办国家级和省级神经外科学习班和研讨班60余个，其中海峡两岸脊柱微创研讨班31期，全国神经外科微创技术研讨会14期、癫痫脑电图及癫痫外科评估学习班4期。负责36项国家级、省厅级的研究攻关课题，其中重大项目5个，已获得省部级和厅级科研究成果17项，目前在研课题22项，在权威性学术刊物上发表论文300余篇，主编和参编30余部书著。

神经外科负责的精品课程《颈腰椎健康保健及防治常识》是2019年首次获得的唯一一项国家级精品开放课程。