厦门大学附属福州第二医院消化内科是福建省重点专科、福州市重点专科，拥有良好的专业人才梯队，是集临床、教学、科研为一体的综合科室。科室开展的诊疗项目有：消化系统常见病，多发病及疑难危重病的诊疗，包括了消化性溃疡，消化道出血，急慢性胰腺炎，胆囊炎，肝炎，肝硬化及其并发症，急慢性胃炎，肠炎，食道疾病，腹痛待查，黄疸待查等，尤其对消化道出血、急性胰腺炎、肝硬化及相关并发症有着丰富的临床经验。

科室下辖内镜中心，积极开展内镜治疗，内镜下息肉切除、EMR及钛夹止血、消化道狭窄支架置入术等操作。同时积极开展肝脏活体穿刺(肝组织穿刺活检、肝脓肿及肝囊肿抽脓)、肝癌肝动脉栓塞灌注化疗、肝动脉造影、小肝癌无水酒精注射消融术等多种诊疗新技术。