武警福建总队医院耳鼻咽喉科汇集着中国耳鼻喉医学领域的医学泰斗杨伟炎、中科院院士曾毅等知名专家，是为适应新时期发展战略而组建的、省内领先的耳鼻咽喉中心，也是福建地区三甲医疗机构中首家耳鼻咽喉中心。

科室开设了耳科、鼻科、咽喉科、头颈外科、颌面整形外科、睡眠呼吸检测中心、鼾症治疗中心、鼻咽癌防治中心等科室，能完成耳鼻鼾症治疗中心、鼻咽癌防治中心等科室，能完成耳鼻、头颈外科领域的各类疾病的诊断及治疗，并可开展包括喉癌根治及发音重建术、各种头颈部肿瘤切除术及手术后缺损的转移性皮瓣修复术、高风险手术。作为中华慈善总会"微笑列车"定点单位，已免费为数百名福建、江西、西藏等地唇腭裂患者进行了矫治。

该科引进CORE综合动力系统(德国Stryker)、鼻窦内窥镜及图象处理系统（德国Storz）、纤维鼻咽喉镜工作站（日本Pentax）、低温等离子手术系统（德国Sutter）、目前世界最先进的PTT（脉博传导时间）睡眠呼吸检测系统、鼻咽癌检测等一大批专业诊疗设备，保证了耳鼻喉疾病诊断的准确性和治疗的成功率，使科室在全省同行业中保持领先优势。