厦门大学附属第一医院内镜中心始于上世纪七十年代末，在厦门最早设立内镜室开展胃及大肠检查，最早开展胆道胰腺疾病的内镜诊治，2014年在医院领导的支持下内镜诊疗部正式成立成为独立专科科室。科室由成立时的一间内镜诊疗室几经发展至目前本地区规模最大、设备最先进的内镜中心，从单纯内镜诊断逐步发展目前的诊断与治疗并重，熟练开展国内外各种先进的内镜下手术治疗。
目前全科人员45人，配套的学科群包括消化内科、普外科、胃肠肿瘤外科、结直肠肿瘤外科、肝胆胰血管外科、胸外科等，其中胸外科配套床位25张，还有结肠息肉的日间手术病房。设有胃肠镜室、超声内镜室、X-线（ERCP）室、VIP内镜室、支气管镜室、磁控胃镜检查室及消化内镜干部保健基地。2019年第一医院内镜中心扩建至3000平方米，占门诊A区5楼整层。
科室拥有种类齐全、世界最先进的内镜设备，开展了具有国际水平的内镜技术。目前设有内镜操作室20间，17台最先进的OLYMPUS290内镜主机系统，2台OLYMPUS260内镜主机，1台富士激光放大内镜主机，138条最先进、NBI兼容可放大的高清晰内镜，超声内镜主机3台（EM2000一台，ME2Plus两台）小探头超声、环扫和纵轴超声内镜输条，其规模及先进性居全省首位。
秉承厦门大学宗旨"精益求精，止于至善"，不断扩大学术交流和影响力，该科先后举办了各类型内镜技术手把手培训、2015年起每年5月举办一届厦门国际消化内镜研讨会及海峡两岸内镜护理论坛。2018年起每年12月举办一届海峡两岸胆胰疾病内镜诊治新技术论坛及第十一届中日消化内镜学术研讨会等大型学术会议。提升厦门内镜诊治水平及在国内外的影响力，吸引了包括来自全国以及来自新加坡等东南亚国家的医生前来学习。
2010年7月复旦大学附属中山医院和厦门大学附属第一医院消化道早癌联合诊治基地成立，2017年一带一路"友谊"消化内镜直通车万里行厦门大学附属第一医院基地成立；大国工匠周平红教授内镜工作站（厦门大学附属第一医院）落户厦门。2018年经中国医师协会分会严格考核获准成为中国医师协会消化内镜医师培训基地。2020年共被授予国家结直肠息肉管理项目中期表彰优秀中心、国家结直肠息肉管理项目筛查板块优秀合作中心两块牌匾。2021年被授予内镜精灵人工智能早癌筛查基地、内镜精灵人工智能多中心研究基地。
2014年姚礼庆教授受厦门市卫健委邀请被聘为内镜诊疗部主任，在姚礼庆教授以及陈进忠主任的带领和支持下进一步做好各项内镜诊疗工作，较好地完成各项学科任务。学科建设方面设立了6个亚专业：食管疾病组（庄惠军为主），食管胃底静脉曲张组（杨炜琳为主），胃疾病组（苏虹医生为主），结肠疾病组（吴建海为主），胆胰疾病组（陈进忠为主），超声内镜学组（雷天霞为主），各位医生在全面掌握消化内镜技术的同时有所侧重突出专长。陈进忠主任擅长消化系疾病的各种高级内镜治疗，故时常受邀各种全国内镜学术会议手术演示。
内镜中心不断学习新的技术，开展各种新的技术，2008年5月复旦大学附属中山医院内镜中心帮助下在全省最早开展消化道肿瘤的内镜诊疗技术-内镜下黏膜剥离术ESD，2014年隧道内镜技术STER及2015年经口内镜肌切开术POEM分别获得厦门市创新技术，还开展了在省内最早开展经口胆道镜在困难结石，胆道狭窄的治疗技术，经口经胃内镜保胆取石术，达到了国内先进水平。还开展了以下各项技术：
(1)上消化道急性出血的内镜下治疗。
(2)食管静脉曲张的硬化剂治疗，胃底静脉曲张组织胶注射技术治疗。
(3)消化道取异物。
(4)消化道息肉内镜下电切电凝术。
(5)结肠较大良性息肉的内镜下电切电凝术，侧向生长型息肉（LST）的ESD治疗改变传统的剖腹手术。
(6)食管、贲门癌手术后并吻合口狭窄的内镜下扩张治疗。
(7)消化道肿瘤的内镜下化疗。
(8)肿瘤狭窄扩张支架置入。
(9)消化道早期癌的粘膜切除治疗（EMR）。
(10)开展ERCP下的各项技术，包括超声内镜IDUS和穿刺引流术EUS-BD等。
(11)胰胆管疾病的内镜下治疗（取石和支架置入引流技术）。
(12)内镜下括约肌切开取石术(EST)等，困难胆道结石的大气囊扩张取石术、spyglass及钬激光和液电碎石取出术。
(13)在省内公立医院首家开展磁控胶囊检查，避免受插管内镜的痛苦。
(14)食管测压，测酸治疗反流性食管炎，抗反流射频治疗和抗反流黏膜切除术ARMS。
(15)内痔内镜下微创治疗（套扎+注射）。
(16)全消化道壁切除术EFTR治疗间质瘤等良性肿瘤。
(17)隧道内镜技术切除术（STER）治疗食管胃粘膜下梗阻。
(18)经口内镜肌切开术（POEM），治疗贲门失驰缓症及小儿先天贲门肥厚。G-POEM治疗幽门梗阻，胃排空减少及小儿先天幽门肥厚。
(19)2017年开展经口经胃内镜保胆取石术治疗年轻的胆囊结石及息肉患者。
(20)超声内镜诊断和介入技术EUS-FNA/FNB、超声内镜胆汁引流术EUS-BD（EUS-HGS，EUS-CDS，EUS-RV，EUS-AG）胰腺囊肿穿刺引流。