厦门中医院中心实验室是全国中医肝病重点专科；厦门市肝病中心的专科实验室。同时承担厦门市中医院分院检验科的业务功能。设有血液、生化、免疫和分子生物学等实验室。2003年科室在厦门率先通过了卫生部临床检检中心的PCR实验室验收，成为福建省第二家，厦门市首家一次性通过验收的专业实验室。历年来在卫生部、省临床检验中心开展的室间质评和室内质控活动中，成绩名列前茅，均达到优秀标准。

该科室自行开发、安装了医学实验室管理系统，建立了实验室局域网，实现了实验室管理科学化、自动化和网络化。把基因扩增仪等实验仪器和网络连接，使基因扩增检验肝炎病毒核酸等项目，能够将仪器检测病毒的扩增图像打印在检验报告单上，客观、直接地提供给医生和患者。

中心实验室现有美国BECKMAN公司LX20大型生化仪、瑞士ROCHE公司2010电化学发光免疫分析仪和法国STAGO公司STA-compact全自动血凝仪等大型设备，和日本SYSMEX公司KX-21n全自动血球计数仪、芬兰雷勃MK3酶标仪、日本京都4280全自动尿液分析仪等分析仪器有力地保证了日常检验工作的质量和水平。

科室还拥有美国ABI公司7000型基因扩增仪、美国BECKMAN公司CEQ8000型基因测序仪等国际领先的大型分子生物学仪器，可从基因水平提供疾病诊疗和生命科学研究指标。目前可以检测甲、乙、丙、丁、戊和庚型等病毒性肝炎病原学指标，其中乙肝血清学指标（乙肝二对半）在厦门地区率先普及了定量检测。

应用免疫印迹法检测自身免疫性肝炎诊断指标，是目前厦门地区临床检测各型肝炎血清学指标最齐全的科室。还能够进行α干扰素抗体、乙肝拉咪呋啶耐药（YMDD变异）、细菌内毒素等项目检测，为病毒性肝炎的疗效观察提供了客观指标。

科室全体同仁致力于创建一个标准化、现代化科室，服务于临床和科研。科室检测项目优质、快速，结果稳定可靠，检验质量一直得到医生和患者的好评和信任。