肛肠科为全国农村医疗机构中医特色专科项目重点建设单位，南充市重点专科，具有鲜明的中医特色优势。擅长运用中药熏洗坐浴、中药保留灌肠，注射、封闭、手术、结扎、挂线、激光、微波等治疗各类肛肠疾患。主要开展内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛瘘、肛周直肠脓肿、直肠粘膜内脱垂、肛门狭窄、肛门直肠息肉、肛乳头瘤、肛门湿疹、肛门瘙痒、肛门尖锐湿疣、直肠异物、溃疡性结肠炎等疾病的检查、诊断及治疗。科室获得一星数字化特色科室称号。