复旦大学附属浦东医院呼吸与危重症医学科是浦东新区重点专科、浦东新区呼吸道传染病特色学科、药物临床研究基地。有亚专业慢阻肺、哮喘、支气管扩张症；肺间质性疾病、肺血管疾病；睡眠呼吸监测；肺癌、呼吸危重症和肺康复学组。开展肺通气功能与呼出气一氧化氮测定及多导睡眠监测，常规开展支气管镜下呼吸道肿瘤与非肿瘤性疾病的诊断与介入治疗；承担复旦大学、河北医科大学、南京医科大学、上海市健康医学院的临床教学与实践工作，拥有市、区级学术委员会委员数名；承担市、区级多项科研课题，每年培养2-3名专科进修医师；发表学术论文70余篇，主编呼吸医学专著6部。

科室对慢性阻塞性肺疾病，肺癌，肺栓塞，支气管哮喘，各种肺部感染性疾病（重症肺炎、胸膜疾病、慢性咳嗽的诊治、大咯血、呼吸衰竭的救治），以及各种呼吸系统疑难病：间质性肺疾病，肺泡蛋白沉积症等的诊治方面具有丰富的经验。应用纤维支气管镜诊断不明原因咯血、声音嘶哑、肺不张、肺部块影等，同时借助气管镜可钳取气管内的异物，止血及气道分泌物灌洗与细菌培养。成立睡眠监测中心，开展多导睡眠监测，诊断睡眠呼吸障碍。设有呼出气一氧化氮测定和现代化的肺功能检查室。先后开展经B超或CT引导经皮肺针吸活检等技术。

科室拥有多台德国进口无创呼吸机；多种雾化吸入装置；床旁便携式纤支镜、电子气管镜，设有呼出气一氧化氮测定和现代化的肺功能检查室等。配有睡眠监测室，内有进口多导睡眠监测系统1套。心电监护仪8台。