上海市第六人民医院药剂科，设门诊药房、特需药房、急诊药房、住院药房、中药房、儿科药房、静脉药物配置中心、制剂室、质检室、临床药学研究室、药库、临床药理等15个分科；现有药学专业技术人员130人，其中正高3名，副高2名，中级10余名。临床药学研究室近几年主持省市级以上课题10余项，科研经费100余万元。药剂科为上海交通大学、复旦大学、上海医药职工大学、上海药剂学校等院校的本科、大专、中专生实习、见习基地，同时为上海交通大学和上海中医药大学博士点，每年向全国招生。
药剂科全面加强药事质量管理，落实药剂科标准化管理，取得显着成绩。在卫生部和上海市医院管理年检查中多次获得好评，成绩均名列前茅。2008年被上海市药学会授予医院药学管理奖，2009年被评为上海市临床药事管理先进单位。2008年、2009年连续获得卫生部抗菌药物临床应用监测网优秀成员单位奖。
科室特色
药品供应与管理
1.配方部
对药品实行“金额管理，数量统计，实耗实消”。对麻醉药品和精神药品实行“三级网络管理”专柜加锁存放，专账登记，专人认领、保管、清点。设有咨询窗口，为医师、护士和患者提供药物咨询服务。结合临床需求，定期举办业务讲座，参加学术活动，加强专业技能训练。为医院“文明示范窗口”。
2.制剂
完善操作规程、质量标准和规章制度，2001年初在全市首批顺利通过了5年一度的《制剂许可证》换证验收工作，2002年底又顺利通过GPP（医疗机构制剂配制质量管理规范）。2005年底又顺利通过《制剂许可证》换证验收工作。
3.药库
药库现已实现了网上采购报单及药品条形码扫描验收。利用条码药库管理系统，药库得以将工作重点从采购报单、药品验收及发票录入，转向药品入库的质量验收、疑问药品的及时处理，提升了药库工作人员的管理层级，提高了药库在医院医疗服务中的管理工作水平。
临床药学
1.静脉药物配置中心
建立和使用静脉药物配置中心在美国、英国、加拿大、澳大利亚、新西兰等发达国家已开展多年，是现代化医院发展的必然趋势。六院依据目前世界上最先进的澳大利亚药物配置标准建成了规模较大的静脉药物配置中心。在国内三级医院中为首家。病房配置中心分：抗生素、细胞毒性药物配置区，常规及营养药物配置区、成品区、冷藏区、药库等工作区域；另设专供门急诊使用的配置中心。在先进的洁净设备环境下，受过良好培训的配置人员，为病人提供高质量、安全、有效的静脉滴注药物和良好的药学服务。实现药师直接参与临床合理用药，确保药物相容性、稳定性良好。中心是一个全方位、适合医院未来发展且具六院特色的现代化临床药物配置研究机构，实施严格的科学管理程序。该中心承担国家级继续教育项目“抗生素合理用药”课题。
2.临床药师
建立了一支由5名专职临床药师组成的临床药师队伍，每天上午深入临床骨科学、血液科、肾内科等8个科室，进行查房和会诊，审核医师药物治疗医嘱或处方的合理性、提出调整用药意见，参与治疗方案设计和药物评价与利用工作，协助临床医师做好药物的合理作用，建立药历；并负责全院的药品不良反应监测、分析和上报工作。临床药师负责全院所有临床科室抗生素使用和ADR的监测工作。
在国内率先成立具有国际水平和市六医院特色的现代化静脉药物配置中心（PIVAS），成为从传统的药品供应模式向以病人为中心的药学技术服务模式转变的典型样板。临床药师利用PIVAS这个平台，充分发挥自身专业优势，监管临床科室围术期抗生素预防性用药以及加强药师审方，严格控制临床不合理处方，避免用药错误，并实施有效的药品集中管理措施，减少药品浪费，使临床合理用药工作上了一个台阶，从时间效果上取得了重大进展。目前，临床不合理处方比例大幅下降；医院获得性感染率下降为原来的1/10，输液反应的发生率几乎为零。六院在市院内感染管理质控中心的多次大检查中成绩名列前茅，并获得卫生部医院管理年专家督导组的一致好评。
3.个体化给药指导
在恶性肿瘤的治疗过程中，化疗占有重要地位。由于肿瘤患者对各种化疗药物的敏感性差异较大，化疗过程中又常可导致耐药性的产生，且多数抗肿瘤药物不良反应较大，如不能准确合理地选用有效药物，不仅达不到治疗目的，还给患者带来极大的不良反应，不但增加了不必要的医疗开支，而且延误了治疗。
临床药学研究室自1994年起率先将双琼脂MTT法测试肿瘤药敏用于临床，为肿瘤化疗个体化提供依据，此法克服了普通MTT法存在的测试准确性不高（正常细胞污染）的缺点，做到方法快速、高效、准确，测试病例已达4000多例。其研究成果《常规MTT化疗药敏检测技术的改良及临床应用》经市卫生局鉴定：“IMTT法使化疗药敏更为准确，可行性提高，推广更易。另外本法在耐药机理方面的研究具有较大的潜在优势，达到国际先进水平。”2000年该成果获“上海市科技进步三等奖”；2002年“双层软琼脂MTT法测定肿瘤细胞药敏研究”获2002年院临床医疗成果奖。
临床药理
研究室硬件设施完备，常规配置包括液－质联用仪、HPLC（紫光/荧光检测器）、固相萃取仪、氮吹仪、高速低温离心机、低温冰箱、精密电子天平、旋转蒸发仪等仪器设备及数据分析处理软件，并具备Ⅰ期临床实验专用床位9张及受试者专用的活动和休息场所。研究室人员包括2名博士、4名硕士及3名本科。2005年申报的Ⅰ期临床试验研究室已通过国家药监局GCP现场检查，具备开展新药Ⅰ期临床试验研究的资格和条件。临床药理为六院特色专业，可为国家药物临床试验机构开展13个临床专业的新药临床研究。
药剂科研究室目前主要从事新药Ⅰ期临床试验和生物等效性研究，同时进行天然产物活性筛选，有效组分的分离、纯化、活性追踪及有效成分的作用机制研究，并进行药物体内吸收、分布、代谢、消除等方面的基础研究。该研究室目前承担国家、上海市科委等课题10余项。