复旦大学附属眼耳鼻喉科医院病理科，主要从事眼耳鼻喉科临床及病理诊断和研究，对各种头颈部疾病尤其是肿瘤诊断方面有专长。科内目前有16位诊断医师，（高级职称6名，中级职称5名，住院医师5名），中级技师4名，初级技师8名，承担日常病理常规切片、冰冻切片、特殊染色、免疫组织化学检测和分子病理检测等工作。

病理科技术力量雄厚，诊断经验丰富，科室专家分别担任中华医学会病理学分会头颈组顾问、头颈学组委员、中华医学会上海病理分会委员、上海市抗癌协会淋巴瘤专委会委员、国家及教育部科技奖评审专家、《中华病理学杂志》《中华耳鼻咽喉头颈外科杂志》审稿专家等。作为上海市临床病理住院医师规范培训的教学基地和头颈专科病理医师的培训基地，参与和协作完成多项研究课题，在国内外权威、核心期刊上发表百余篇学术科研论文，并参与编写多部专，培养研究生十余名。

病理科技术设备精良，拥有全自动组织脱水机、包埋机、打号机、全自动染色机、封片机、全自动免疫组化染色机、石蜡切片机、冰冻切片机、原位杂交仪、荧光显微镜、全自动核酸提取仪、实时荧光定量PCR、HPV检测工作站、数字化病理图象扫描系统及全国首个全自动高清恒染工作站等。

病理科每年病理检查病例数由2002年的9000例增长至2021年的30000多例，服务范围辐射全国及海外，每年接收各地疑难会诊病理会诊1000多例，免疫组化加特殊染色12000多例，原位杂交1000多例，专家评议复旦大学附属眼耳鼻喉科医院病理科“疾病种类繁杂，资源丰富，特色显著，处国内先进水平”。

目前科室研究的方向以头颈部肿瘤的分子诊断和发病机制的研究、治疗等方面为主，正在筹备和即将开展基因扩增、突变、测序等与精准医学相关的前沿项目。

目前已经开展以及即将实施的分子遗传学项目包括：荧光原位杂交、头颈组织人乳头状瘤病毒检测、基因突变检测等，主要用于头颈部肿瘤的病理诊断，同时也为其他各地医院提供了疑难病理远程会诊便利，推动个体化治疗的发展和进步。