烟台毓璜顶医院药学部是一个集药学服务、科研、教学为一体的综合性部门，下设药剂科和药品采购供应科。科室制度完善，管理科学，中国医院协会最终审定并授予“第二届全国药事管理优秀奖”。
科室注重人才培养和学科梯队建设。截止2015年底，药学部共有员工112人，包括5名返聘人员和19名编外人员。男性29人，女性83人。高级职称18人，中级职称39人，初级职称55人。其中博士1人，硕士20人，本科58人，大专及以下33人。
承担着全院药品采购供应、药品调剂、临床药学以及教学科研等任务。
1.药品采购供应
药品采购供应科承担全院中西药品及化学试剂的采购、保管和供应工作，库房面积达2000平方米。建有常温库、阴凉库、低温库、危险品库和中药库，毒、麻醉、精神药品根据国家有关规定实行专区专人专柜保管。建立了专用的药库信息数据处理系统，实现了药品效期警示、信息查询、药品分类和分区定位；药品验收实现条码验收；药品出库、药房请领通过移动电脑完成。管理措施得力，合理、及时调整库存药品结构，避免了过期失效、报废现象，帐物相符率达100%，药品损耗率为零。药品采购供应科下设液体调剂室，承担医院70个临床科室的大输液下送工作，全年共送输液489万袋瓶。
2.药品调剂
调剂工作由药剂科下属的门诊西药房、中药房、住院药房、中心摆药室和静脉用药调配中心承担。
门诊西药房分设东区（妇儿）药房、中区（综合）药房、急诊药房和肠道药房，全面引进了国际领先的全自动发药机，日调配处方约4000余张，患者候药时间大大缩短，药师的发药准确率和用药交代率大大提高。
中药房承担着住院患者与门诊患者的中药处方调配工作。日调配处方约120张，提供煎药服务，并在中药包装袋上印制病人服药信息，保证了用药安全。
住院药房担负着医院近70个临床科室的住院用药调配工作，2015年起全面实行药品下送服务。科室工作流程及药品管理程序完善，药品管理严格，调剂工作规范，借助于完善的网络信息技术为临床提供用药咨询服务，药品的所有信息包括剂型、应用范围、不良反应等都可以随时提供给临床科室。
中心摆药室负责全院住院患者口服药品的调配、发放工作，利用3台全自动分包机，将每位患者口服药品单剂量独立密封成袋，药袋上的二维条码注明了患者信息及用药说明，护士发药时通过PDA扫描药袋及患者腕带条码进行匹配确认，避免了用药差错，这一技术走在了国内同行业的前列。
3.临床药学
临床药学工作由临床药学科承担。我院的临床药学工作开展较早，并处于国内领先地位。1983年成立临床药学研究室，是山东省最早开展药师下临床工作及血药浓度监测的单位之一。现有12位专职临床药师，在各专业开展了多方位的药学服务，包括处方点评和住院医嘱点评，分析处方和住院医嘱中的配伍禁忌和相互作用、超说明书使用等；深入病房查房，参与合理用药讨论和咨询。
参加会诊，提供用药建议，制定个体化给药方案；编写医院药讯《药物与临床》；提供用药咨询，解答医护患的用药问题，普及合理用药知识；开展ADR监测，多年被评为市ADR监测先进单位。承担全国抗菌药物临床应用监测网的上报和内、外科抗菌药物点评。2010年被山东省卫生厅授予山东省抗菌药物临床应用监测网监测工作优秀奖。
2011年12月成为卫生部临床药师培训基地，面向全国招收学员（心血管和抗菌药物两个专业）。
至此，临床药学室已对传统工作进行了丰富和创新，逐渐形成了临床实践、用药质控和信息化干预齐头并进的工作模式，为医院药学由供应型向技术服务型转型打下了坚实的基础，走在了全省的前列。
4.静脉用药调配
静脉用药调配中心（PIVAS）于2015年12月15日正式投入使用，其坐落于医院综合大楼东区的中心位置（东区供应室对面），建筑面积约为700m2，内设普通药物及全胃肠外营养药物调配间（含水平层流台18台）、抗生素药物调配间（含A2级生物安全柜5台）、肿瘤药物调配间（含B2级生物安全柜2台）、排药准备区、复核包装区、针剂二级库、清洗间以及污物暂存间等若干功能分区。设计的最大日调配量为8000袋。
5.临床药理及新药临床试验
药学部于2014年12月建立了药物基因组学实验室，由临床药理室承担日常工作。通过焦磷酸测序的方法来获得药物相关的基因序列图谱，临床药师对检查报告进行判断和解释，根据检测结果结合患者临床特点进行后续个体化用药方案的制定及用药管理，实现精准给药。
医院于2012年获得国家药物临床试验机构资质，机构办公室设在了临床药理室，由专业化和专职化的管理团队负责全院9个认证专业的临床试验管理，机构办管理制度健全，工作流程规范，严格按照GCP管理在研项目，保证临床试验过程规范，结果科学可靠，有效地保护受试者权益。同时承担全院的GCP培训，确保每年的培训达100人次以上。
6.教学科研
药学部承担山东省莱阳卫生学校、山东中医药高等专科学校、济南卫生学校、大连医科大学临床药学系及滨州医学院药学院等学校学生的见习、实习、课题实习和理论授课任务。
到2015年底，参与科研项目30余项，立项课题15项，已完成科研11项，获奖6项。获国家专利7项。主编专著9部、参编14余部。发表学术论文300余篇，其中中华级35篇，被SCI收录15篇。有30余人次在省市各级学会任职。历经半个世纪发展的药学部，将继续发扬毓医“以患者为中心”的精神，服务于患者，服务于社会。