山西省肿瘤医院内镜中心是集消化内镜和呼吸内镜检查、诊断、治疗、科研和教学为一体的独立临床医技科室。中心现有医师15名，主任医师2名、副主任医师3名，护理人员15名。开设8间胃肠镜检查室，3间呼吸内镜检查室，2间内镜手术间和1间内镜介入手术间，床位12张。

科室主要以消化道和呼吸道肿瘤诊断与治疗和为专业特色，可常规开展各项内镜下三四级手术，在早期消化道肿瘤诊断与手术、消化道肿瘤的内镜介入治疗、超声内镜穿刺、胆胰疾病的ERCP治疗和支气管镜穿刺活检方面处于省内领先地位。