雨花医院始建于1956年，几经发展、先后曾名为雨花乡卫生院、雨花中心卫生院、雨花台区中医院（增挂宁南社区卫生服务中心）、雨花台区中西医结合医院（增挂宁南社区卫生服务中心）。2011年9月，在实施医改中，雨花台区中西医结合医院作为全区唯一的二级医院予以保留，并更名为南京市雨花医院（增挂雨花社区卫生服务中心，下称雨花医院）。