黄河三门峡医院前身为抗美援朝辽宁旅大医院管理处第六战勤医院，始建于1951年1月23日。1953年1月，改名为辽宁旅大第六后方医院；1953年12月，更名为辽宁省旅大第三康复医院；1956年6月，为服务黄河三门峡水利枢纽工程建设，从辽宁旅大整体搬迁至河南三门峡，成立黄河三门峡医院。
经过70多年的发展建设，如今的黄河三门峡医院已成为一所集医疗、教学、科研、预防、急救、康养为一体的国家三级甲等综合医院。拥有和平路、陕州路、商务中心区3个院区，占地面积160多亩，建筑面积近25万平方米，建设床位规模2600张。年门诊服务患者79.37万人次，住院服务患者5.5万人次。
1995年，医院顺利通过二级甲等综合医院评审，2008年，被河南省卫生厅规划为区域性三级综合医院，2019年1月，正式通过国家三级甲等综合医院评审。2010年，成为河南科技大学非直属附属医院、硕士研究生培训基地，2016年，成为郑州大学第一附属医院协作医院，2018年成为北京大学第三医院眼科中心豫西分中心。2018、2019连续两年在国家公立医院绩效考核中保持在全国同类医院20多名、河南省位居第1名的优异成绩。2024年1月8日，国家卫生健康委公布“2022年度三级公立医院绩效考核结果。我院以816.1分的成绩，在全国181家无财务年报组排名第16位!较2021年成绩排名上升了26位，总分提高了80多分，稳居A等级。
从建院之初的单纯服务志愿军伤病员到如今内、外、妇、儿等科室综合发展，从专科细分到亚专科发展，从特色专科建设到学科融合发展，医院在学科发展的道路上稳步前行。现拥有心脑血管、肿瘤、妇产等11个院中院，设置75个临床专业和13个医技科室，开放55个临床病区、7个重症监护室；拥有1个社区卫生服务中心、3个社区卫生服务站、1个美容整形门诊。通过中国胸痛中心、卒中中心、房颤中心、心脏康复中心、儿童癫痫中心的国家级验收；肿瘤专业为省级区域医疗中心、妇产专业为市级区域医疗中心；妇产科和骨科获批河南省临床医学重点专科；22个市级诊疗中心、16个市级医疗质量控制中心，22个市级临床医学(医技)重点专科、成功创建韩新巍中原学者工作站、河南省膝关节病诊疗工程技术研究中心等22个科研平台。
70多年来，黄河三门峡医院始终秉持“医德奠基，人才兴院”战略。医院现有职工2046人，其中卫生技术人员1825人，硕士研究生导师5人，高级职称252人，中级职称636人，初级职称919人，博、硕士研究生193人，形成了一支年龄层次、学历职称结构合理的人才队伍，本科以上学历占到全院职工的80%以上，中高级职称占到在职职工的近60%。现有国家级医学专业委员51人，河南省医学会各专业委员会委员376人，常委以上83人，三门峡市医学会各专业主任委员33人，三门峡市拔尖7人。
在大力实施人才战略、服务至上的同时，医院医疗设备也逐步升级换代。现有GE3.0TSIGNApioneerMRI、GERevolution256排CT、GE1.5TMRI、西门子双源CT、美国瓦里安加速器放疗设备等各种大中型先进医疗设备2000多台套，设备总值3亿多元，为医院可持续发展奠定坚实基础。
先后开展新技术新项目300多项，一大批新技术使“外科微创化、内科介入化”的现代化诊疗模式初步形成，部分技术达到国内、省内先进水平。搭建了恶性肿瘤、脑卒中、胸痛、呼吸、大动脉疾病、凶险型前置胎盘等多学科联合诊疗平台，医院疑难危重患者救治能力处于区域内领先水平。医院开展的冠脉搭桥技术、肿瘤粒子植入术、ECMO技术、出血性疾病血管内介入技术、腔镜下各种肿瘤根治术、袖状胃减重技术等均在三门峡市乃至省内处于领先水平。2023年3月生殖医学诊疗中心试管婴儿技术通过国家卫健委专家组现场验收，取得正式运行资质。
近5年来，共获得省级医学科技奖6项，市级科技成果5项，公司科技进步奖233项，电力职工成果奖17项；省级立项8项，市级科研立项57项，公司科技立项164项；获得发明专利3项，实用新型专利19项。发表核心期刊及统计源期刊论文600余篇，SCI论文15篇。
2017年3月开工建设的黄河三门峡医院南院区，以“大专科、小综合、医养结合”为建设思路，规划床位1000张，总投资近10亿元，是一所集医疗、急救、养老和康复为一体的新型现代化医院。一期工程已于2020年10月全面开诊。以心脑血管、肿瘤为重点，倾力打造辐射豫晋陕三省四市1700多万人口的区域医疗中心。
为适应老龄化社会的发展趋势，医院在医养结合方面进行了积极探索和尝试，2016年托管三门峡市老年护理院，运行良好，先后被评为河南省敬老助老“金色家园”、河南省“养老示范单位”等荣誉，形成了良好的品牌效应。
黄河三门峡医院是全国“爱婴医院”、全国“综合医院中医药工作示范单位”、全国“第一批国家分娩镇痛试点医院”、中华医学会健康管理学科建设与科技创新中心等；是河南科技大学、新乡医学院等10多所院校的教学医院，是首批河南省助理全科医生培训基地。也是全国异地就医结算定点医疗机构、三门峡市医保等多项医疗业务定点医院，是卫生部国际救援、三门峡市120急救指挥中心网络医院和空中120救援基地。
先后荣获全国“模范职工小家”、全国“巾帼文明岗”、全国“改革创新企业医院”和“群众满意医疗机构”，河南省“文明单位”“第十八届河南省职工职业道德建设标兵单位”“爱心医疗机构”“先进基层党组织”“抗击新冠肺炎疫情先进集体”“医用耗材管理工作先进单位”“医保支付方式改革先进单位”“先进红十字志愿服务团队”“五一劳动奖状”获得者，中国电建“2018-2019年度先进基层党组织”等300多项荣誉。
医院始终坚持思想文化建设和职工队伍的道德素质建设，不断营造文明、健康的软环境。通过各种行之有效、丰富多彩的教育和文化娱乐活动来凝聚、导向、激励和规范职工的思想和行为，形成了一种具有本院特色的、奋发向上的医院文化，树立了良好的社会形象。
70年多来，黄河三门峡医院始终坚持央企医院担当，主动承担社会责任。先后参加唐山大地震、汶川地震、支建煤矿透水事件、义马气化厂爆炸等突发灾害救援；积极参加非典救治、三鹿奶粉事件处置等公共卫生事件；圆满完成援非、援疆、对口支援、健康扶贫等政府指令性任务；主动承担义诊巡诊、科普宣教等公益活动，为健康中国做出应有贡献。
2020年2月、2022年4月在武汉和上海新冠疫情最吃劲、最关键的时刻，医院组建2支由65名医务人员组成的医疗队，白衣执甲、逆行出征，在抗疫保卫战中向祖国和人民呈上了满意的答卷。还陆续派出4支援外巡诊医疗队参与中国电建等中资企业海外项目疫情防控和救治工作，受到了国务院国资委、河南省委、中国电建集团、三门峡市委、市政府、水电十一局的表彰及社会各界的充分肯定和赞誉，石磊获“全国抗击新冠肺炎疫情先进个人”、“全国优秀共产党员”两项殊荣，张丽、王阁同时荣获“全国五一巾帼标兵”称号，多人受到省、市表彰。
医院全体职工发扬“自强不息、勇于超越”的黄医精神，秉承“厚德、笃学、精医、卓越”的院训、奉行“群策群力、创造满意”的价值观，坚持“仁爱为本、群众满意”的服务宗旨，不断强化学科建设，持续提升医疗服务质量，用高尚的医德、精湛的技术、优质的服务、诚信的态度、优美的环境，努力把黄河三门峡医院打造成为全生命周期和全健康产业链的在医疗健康产业具有较强社会影响力的地区领先、区域一流的现代化医院，为峡市人民的身心健康继续做出更加积极的贡献。