山东菏泽牡丹区妇幼保健院，即菏泽市妇幼保健院（挂菏泽市妇女儿童医院牌子），始建于1951年4月，为市卫生健康委所属的副县级事业单位，位于菏泽市广州路399号，是一所以妇女儿童保健、急危重症孕产妇和急危重症儿童救治为主的市级专科医院。现有工作人员340人，现有高级职称61人，中级职称90人；硕士研究生学历16人，本科以上学历281人。
菏泽市妇幼保健院新院区占地面积120亩，规划总建筑面积11.1万平方米，设置床位760张。一期工程占地面积40亩，建筑面积3.1万㎡，设置床位200张，已于2017年12月投入使用；二期工程为菏泽市妇女儿童医院项目，建筑面积8万㎡，设置床位560张，2021年市发展改革委已予以立项，现正在筹建中。
我院有孕产保健部、儿童保健部和妇女保健部三大部，肩负着全市妇女儿童保健、疾病救治及辖区妇女儿童健康知识的培训与督导工作。
我院是国家级爱婴医院，产科是医院特色专科，提供专业化的围产期保健服务，设有高端的产科病房、VIP产房，由数十名专家组成的医疗团队为产妇提供专业化的服务，实行一对一导乐陪伴分娩。在全市率先开展了无痛分娩，是菏泽市唯一一家国家级无痛分娩镇痛试点医院。设有高端产科病房（VIP），提供导乐陪伴、产后康复等一站式服务，让您在家庭般温馨的环境下，体验安全舒适的分娩经历。妇科有山大二院专家长期坐诊，具有先进的仪器设备，能够开展各种宫腔镜、腹腔镜手术，微创治疗深受广大患者欢迎。
新生儿救治中心由省内三甲医院知名专家坐诊，设有儿科专家门诊，儿科普通病房，NICU病房，已形成了省内较完整的普通儿科、新生儿诊疗体系。拥有国家标准化十万级层流新生儿病房、德国进口德尔格专用新生儿早产儿呼吸机（带有高频震荡）、国际先进血气分析仪GEM400等先进设备，配有菏泽市唯一一辆新生儿救治转运车，保障新生儿的安全接诊。
儿童保健中心是我市唯一市级儿童保健与康复技术指导中心，对儿童体格、营养、智力发育进行全面评价和数据分析，为他们提供科学、系统、全面而个性化的全方位儿童系统保健服务；儿童康复中心是我市儿童康复评估和服务定点医院，根据儿童生理发育特点，对孤独症、言语与语言发育障碍、脑瘫、发育迟缓、智力低下、斜颈等康复治疗。
我院已成为山东省中医院生殖与遗传中心联盟成员单位，岐黄学者连方教授在我院设立名中医工作室，让菏泽市老百姓在家门口就能享受到省级专家的优质诊疗服务。
产后康复科是我市唯一一家全面提供产后康复、更年期康复，进行全面健康恢复的科室，配备国内最先进的磁电联合康复设备。
妇女保健中心提供宫颈癌及乳腺癌筛查服务，阴道镜检查、液基细胞学筛查水平处于全市领先地位。
中医科由鲁西南扶阳学派代表人物孙自文主任中医师长期坐诊，诊疗项目包括脉诊、针灸、推拿、中药贴敷穴位、埋线、及中药熏蒸、艾灸、刮痧、拔罐、小针刀等。
耳鼻喉科可开展低温等离子扁桃体腺样体切除手术，内窥镜下耳、鼻、喉部异物取出术，耳前瘘管及耳鼻咽喉各种良性肿物切除等各种常规手术及治疗。
眼科具有各种最新类型的眼科诊疗设备，儿童视光专业是科室特色，主要有青少年屈光不正的检查和矫正，儿童斜弱视的治疗等。目前全面开展小儿眼底病的筛查和治疗、眼表疾病的检查及诊断，白内障、青光眼、玻璃体混浊、眼部微创美容等各种眼部手术。
外科主要开展乳腺、甲状腺及腹股沟疝、胃肠道疾病、肛肠疾病的诊断与治疗，对乳腺癌的综合治疗，具有丰富的临床经验。
小儿外科擅长小儿外科常见病、多发病的诊治工作，主要开展小儿普外科常见疾病、小儿泌尿外疾病、新生儿外科疾病、肛管和直肠疾病、小儿骨外科疾病等常见病的诊断治疗。
医学影像中心是全市胎儿四维超声检查的会诊中心，担负着菏泽市七县四区出生缺陷防治工作及基层医院妇产科及儿科超声会诊的任务,是全市妇产科疑难病例的主要超声会诊科室。拥有多台美国GE实时三维超声诊断仪器、多台西德国门子S2000、S3000彩色多普勒超声诊断仪等先进设备。
内科对循环、呼吸、消化、内分泌等方面疾病的诊断与治疗有独到之处。
医学检验中心为我院重要的临床医技科室之一，主要工作是针对各种疾病从生物化学、血液学、细胞学、免疫学、基因学等给临床诊断疾病、追踪疗效和估计预后提供准确科学的检验依据。拥有达安基因芯片检测仪、瑞士罗氏-411全自动电化学发光免疫分析仪、法国STAGO-COMPACT MAX全自动血凝分析仪、博辉GenPLex-HPV全自动基因芯片检测仪、迈瑞-820全自动生化分析仪、迈瑞-CL-2000i全自动化学发光免疫分析仪、迈瑞-5390CRP全自动血细胞分析仪、科美-LICA-500全自动化学发光免疫分析仪等先进检验仪器20余台。
开展孕前优生检查，通过无创DNA检查、羊水穿刺、产前诊断，及时终止妊娠，可以避免先天残疾婴儿的出生，减轻家庭痛苦和社会负担。
我院是全市唯一一家产前筛查诊断中心，负责全市及各县区的产前筛查和产前诊断工作，极大地降低了全市缺陷基因遗传率。
我院拥有全市唯一的新生儿疾病筛查中心，是山东省最早开展新生儿疾病筛查的机构之一，提供新生儿遗传代谢病“四病”筛查及串联质谱筛查，可以筛查出48种遗传代谢病，经过早期干预，使患儿得到及时治疗，减轻社会负担。
承担辖区妇幼健康工作业务管理，对辖区内提供妇幼保健和计划生育技术服务的各级各类医疗卫生机构进行技术指导、业务培训、监督考核等，负责辖区托幼机构卫生保健工作业务指导。