中国人民解放军东部战区总医院镇江医疗区由原南京军区南京总医院、原第八一医院（八六临床部）、原第八二医院（149临床部）、原第359医院以及三八保育院等6家医院和15个门诊部组成。其主要前身，原第359医院组建于1966年9月，1969年6月正式投入运行，是原南京军区所属的三级乙等医院，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的综合性医院。

五十年来，医院始终坚持姓军为战、服务百姓的使命宗旨，在唐山大地震救灾，苏、浙、皖特大洪涝灾害、长江流域抗洪抢险、救治汶川地震伤员，历次沪宁（蓉）高速公路重特大交事故伤员救治等行动中，医院反应迅速、响应高效，树立了军队医院良好形象，深受部队官兵和人民群众赞誉。建设成立了包括“全军肢体伤残治疗中心”、“南京军区口腔医学中心”在内的一批优势学科、重点专科；取得了一系列国家和军队成果奖励，多次被国家和军队部委表彰。东部战区总医院已形成“一院四区多点”的新格局，辐射苏北、苏中、皖南地区。