医院座落于南阳市车站南路与卧龙路交叉口东北角，占地7199平方米，建筑面积21000余平方米，交通便利，环境优美。医院已发展成为一家集医疗、急救、预防、保健及社区卫生服务和综合养老为一体的国家二甲综合医院。

现有门诊部、内科住院部、外科住院部、医学体检楼、社区卫生服务综合楼、社区综合养老中心各1栋。

医院批准床位330张。医院现有职工462人，专业技术人员365人，副高及以上职称30人，中级职称62人，有10余名专家系南阳市“学科带头人”及“专业技术拨尖人才”。专业人才涵盖内、外、妇、儿、影像、检验等各个领域。

医院开设有急诊科、神经内科、心血管内科、呼吸内科、消化内科、肿瘤科、内分泌科、肾病透析科、骨外科、普外科、妇产科、儿科、眼耳鼻喉科、中医科、康复医学科、灸疗科、口腔科、体检科、医学影像科、检验科(含六大实验室)、输血科、病理科超声心电科等40余个科室。医院拥有德国西门子128层螺旋CT、飞利浦CT各1台；开放式核磁共振2台、数字化DR摄片系统、西门子平板200数字化X线诊断系统、飞利浦四维彩超及美国进口心脏彩超等5台、FEP-BY02高能聚焦超声肿瘤治疗机、ABUS乳腺容积超声、颈颅多普勒、全自动生化分析仪、体外碎石机、移动式DR、E95彩超、奥林巴斯胸腹宫腔镜、胃肠镜、等全市先进的医疗设备，新建设的PCR实验室已通过省卫生厅技术验收。

1994年，南阳撤地设市，原卧龙岗乡卫生院被调整上划为市级专科医院。卧龙岗乡辖区近7万人民群众失去了公共医疗卫生服务专业机构，辖区公共卫生工作出现断档。

1999年6月，经卧龙区人民政府批准成立卧龙区卧龙医院(级别为股级单位、编制15名，经费由财政定额补贴)隶属区卫生局领导、主要负责卧龙岗辖区人民群众公共卫生及医疗保健工作。区卧龙医院成立后、由于区财政困难，无力投入，出现了“四无”(无设备，无资金、无人员、无场地)局面，到2002年医院已经无法运转。

2002年10月受卧龙区政府、区卫生局委派，晏志保同志放弃了三级医院的优厚待遇，临危受命，毅然决然的接受了卧龙医院的重新筹建工作。在资金、人才极度短缺的情况下，晏志保同志多方筹集资金，甚至把自家的房屋抵押货款，购买设备、引进人才、租赁场地重新运转。新开业的医院经市卫生局批准为南阳卧龙医院，性质为民营。自此，公立的医院依托民营的卧龙医院开展业务，相互促进，共同发展。

2004年2月，公立的卧龙区卧龙医院更名为卧龙岗乡卫生院。

2007年11月经南阳市卫生局批准卧龙岗乡卫生院又更名为卧龙岗街道社区卫生服务中心。

2012年12月，南阳卧龙医院晋升为国家二级综合医院。

2018年8月，南阳卧龙医院晋升国家二级甲等综合医院。

2019年1月，南阳卧龙医院正式成为南阳医学高等专科学校附属医院。

2020年10月，在抗击新冠肺炎疫情的工作中，南阳卧龙医院全体医护人员勇于担当，冲锋在疫情一线，荣获河南省委、省人民政府授予的“河南省抗击新冠肺炎先进集体”称号。

2020年10月，南阳市卫健委批准卧龙医院增挂卧龙肿瘤医院、卧龙脑科医院牌子，标志着卧龙医院在专科专病等多学科建设上又迈出了可喜的一步。

2020年12月28日，南阳卧龙医院举办卒中中心、胸痛中心、创伤中心三大中心暨南阳卧龙肿瘤医院、南阳卧龙脑科医院授牌仪式。“三大中心”的创建，标志着卧龙医院医疗救治综合实力再上新台阶，实现了质的飞跃。

2021年10月，南阳卧龙医院成为河南省肿瘤医院专科医联体成员单位。

2022年9月，南阳卧龙医院顺利通过国家二级甲等综合医院复审工作。

2022年10月，南阳卧龙医院增挂南阳理工学院、张仲景国医国药学院实践教学基地