自治区第二济困医院位于乌鲁木齐市高新区（新市区）喀什西路159号，医院前身为新疆农业机械厂医院，始建于1958年，2003年8月，自治区党委和政府为解决广大人民群众、尤其是特困群体看病就医的问题，更名为自治区第二济困医院，移交原新疆维吾尔自治区卫生厅管理。
2017年9月，经自治区党委编办批复，我院更名为“新疆维吾尔自治区第二济困医院（新疆维吾尔自治区第五人民医院）”。医院是一所集医疗、急救、康复、教学、科研、预防保健为一体的二级甲等综合医院，辖管三工社区卫生服务中心，医院覆盖范围为高新区（新市区）、经济技术开发区及乌鲁木齐县部分人群约50余万人提供医疗服务。是自治区医保、乌鲁木齐市医保、城镇居民医保、兵团医保及铁路医保定点医疗机构，是自治区、乌鲁木齐市济困医疗和医疗救助定点医疗机构。
医院占地面积8012平方米，建筑面积29930平方米，编制床位300张，干部职工400人，卫生专业技术332人，占医院总人数81.67%（高级职称42人，中级职称85人）。
医院设有15个行政职能科室，20个临床、医技科室。有骨科、妇产科等院内重点学科，有中医科、康复医学科、内分泌·老年病·肾病内科等特色学科，开设内窥镜室、眼耳鼻喉、口腔、中医、疼痛等特色门诊，能开展常见病、多发病、疑难急危重症的诊治。
可实施人工髋关节置换术、人工膝关节置换术、经皮穿刺椎间盘切除术、宫腔镜下子宫内膜切除术、腹腔镜下阑尾切除术、脾切除术、鼻内窥镜下鼻中隔矫正术、胃十二指肠镜下十二指肠病损切除术、宫颈环形电切、无痛人流、宫腔镜检查等多种三四级手术。
拥有1.5T超导核磁共振、64排螺旋CT、动态平板DR、飞利浦IEQ7全数字化超声波诊断仪、奥林巴斯电子胃镜、大生化、法国梅里埃全自动微生物鉴定系统等大中型医疗设备50余台。