鄂尔多斯市第二人民医院始建于1990年，是一所集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的传染病专科医院，是鄂尔多斯市肝病治疗中心、鄂尔多斯市过敏性鼻炎诊疗中心，为全市突发及重点监测传染病定点收治单位。医院是北京结核病诊疗技术创新联盟、佑安医疗联盟、地坛感染病联盟、北京超声医学会超声介入微创治疗联盟医院，北京佑安医院、北京地坛医院、北京胸科医院协作医院，全国肝胆病防治示范基地，全国人工肝及血液净化技术示范中心，国家卫健委肿瘤微创介入建设中心。传染病学科、结核病学科为鄂尔多斯市重点学科。

医院为一院两部设置，空港部占地面积5.3万平方米，建筑面积4.7万平方米，编制床位220张。东胜部占地面积7万平方米，建筑面积4.55万平方米，编制床位295张。医院设有结核病科、肝病科、内科、外科、疼痛与骨科、妇产科、儿科、变态反应科、中医科、口腔科、眼科、耳鼻咽喉科、急诊科、麻醉手术科、皮肤科、性病科、医学检验科、病理科、超声医学科、影像医学科、介入治疗室、呼吸内镜室、消化内镜室、血液净化室、关爱门诊、美沙酮药物维持治疗门诊、职业病康复门诊等科室。现有职工453人，其中高级职称者80人。

医院配有西门子3.0T磁共振、GE64排CT、血管造影X射线机、心脏彩色多普勒超声诊断系统、腹腔镜、胸腔镜、宫腔镜等先进诊疗设备100多台。