北京京通医院设有内科、外科、妇科、男性科、计划生育科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、肛肠科、消化内科、泌尿外科、整形美容科、口腔科、预防保健科、骨伤科、中医科、推拿针灸科、医学检验科、放射科、医学影像科等临床与医技科室。