医院始建于1955年，前身为“东莞市麻涌医院”，2018年8月纳入市属医院管理，2019年9月更名为东莞市水乡中心医院，2019年11月起参照三级医院管理，2023年9月加挂“东莞市人民医院水乡医院”。
概况方面：医院1998年搬入现址，占地面积34.5亩，建筑面积1.1万㎡，定编床位350张，实际开放床位269张。
党建方面：2019年1月升格为党总支、2020年4月升格为党委，下设5个在职党支部和1个退休党支部，党员133名，在职党员112名（预备党员11名），退休党员21名。
人力资源方面：现有员工469人（不含第三方），现有编制147个，在编118人、非在编351人、空编29个；医生130人、护士218人、药剂及医技68人；高级职称56人（其中正高8人：主任医师6人，主任护师1人，主任检验技师1人；副高48人：副主任医师31人，副主任护师护8人，副主任技师5人，副主任药师2人，高级会计师1人，信息系统项目管理师1人）、中级职称157人；本科及以上学历233人、研究生10人（含博士在读1人）、博士1人。
科室设置方面：设有党委办、办公室、医务科、护理部、财务科、总务科、防保科、人事科、质控科、病案室、设备科、信息科、院感科、审计办、采购办、绩效办、门诊办、医保办、妇委会、客服中心、纪检监察室等21个职能科室；设有内一科、内二科、外一科、外二科、外三科、儿科、妇产科（乳腺科）、中医康复科等8个住院病区；设有急诊科、眼耳鼻咽喉科、皮肤科、口腔科、中医科、心血管内科、康复理疗科、妇科、产科、儿科、外科、手足外科、骨科、呼吸内科、消化内科、乳腺科、疼痛科、发热门诊等21个门急诊科室；还设有健康管理科、检验科、中心实验室、功能检查科、影像科、药剂科、病理科等科室。目前东莞市特色专科有3个：检验科、老年病科、中医康复科。
新院区方面：新院区项目名称为“新麻涌医院（一期）”谋划于2011年，并于2012年确定选址，2014年完成项目一期的规划设计并在麻涌镇内立项，占地面积为61.9亩，总建筑面积为74112.59㎡，建设规模为二级甲等综合医院标准的350床位，建设内容为1栋住院楼（地上12层、地下1层）、1栋3层医技楼、1栋4层门诊楼及1栋4层生活楼。项目主体工程于2015年3月由麻涌镇按2.18亿元作为工程招标控制价进行招投标，中标价为1.96亿元。因配合市政府引入PPP合作模式和区域医疗资源统筹，并于2015年4月暂停项目建设。2017年项目经市政府批准按照原招标重启项目建设并明确由市镇出资共建，于2017年11月动工，并于2021年12月竣工（专业科室为毛坯），已于2022年11月完成竣工验收和消防验收，累计投资2.9亿元。项目二期用地10.9亩及预留发展用地35亩已完成用地报批手续。