1896年，南洋公学创立，1898年2月学校聘请第一位医生来校工作。三个世纪以来，学校医疗保健机构随着西安交通大学的变迁与发展，由最初“医药室”、“养息所”发展为“卫生科”、“卫生保健室”。1982年，经校长办公会决定并报教育部批复成立“西安交通大学医院”。1983年1月，西安市卫生局批复正式定名“西安交通大学医院”。

1999年经西安市劳动局批准为西安市城镇职工医疗保险定点医院，2014年，经陕西省人力资源和社会保障厅批准为定点医疗机构。2000、2010年经西安市卫生局、西安市物价局评审批准为二级乙等医院。2000年4月，原西安交通大学、西安医科大学和陕西财经学院三校合并组建成新的西安交通大学。三校合并后，组建成立新的西安交通大学医院，现已发展成为一所集医疗、科研、预防、保健、健康教育及社区卫生服务工作为一体的二级非营利性综合医院。

西安交通大学医院建筑面积8000余平方米。医院（兴庆校区）设住院部和门诊部。住院部设病床100张，为综合病区。门诊部设有内科、外科、急诊科、口腔科、中医康复科、妇产科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、公共卫生科、放射科、药械科、检验科等十余个科室。此外，还有医学校区门诊部、财经校区门诊部、创新港门诊部及交大社区卫生站共5个部分。

医院拥有西门子S2000、西门子X300PE、东芝6000、飞利浦HD5、百胜MYLAB20PLUS彩色多普勒超声诊断仪；悦琦TCD-2000E超声经颅多普勒血流分析仪；全自动血液分析仪、全自动尿液有形成份分析仪、尿液干化学分析仪、全自动生化分析仪、化学发光分析仪、糖化血红蛋白仪、全自动血凝仪、全自动酶免分析仪；床边心电监护仪、理邦心电图机，交大辰方动态心电图仪和动态血压；西门子MultixFusion数字化医用X射线摄影系统、万东1000CB数字化医用X射线摄影系统，梅生MSY/Q型及MSD-M型牙片机等医疗仪器设备。手术室、供应室设备先进、布局科学、流程合理，门诊部、住院部基础设施齐全、环境清洁舒适，为患者提供了良好的就医条件和环境。

医院拥有一支训练较为有素、热爱医疗卫生保健事业、作风优良、医疗技术熟练的专业技术队伍。现有主任医师7名，副主任医师28名，博士6名。近年来有一批985、211重点大学培养的硕士研究生来院工作，具有心脑血管、呼吸、消化及肿瘤等方面疾病的预防、诊断和治疗功能，在急性心梗、心源性休克、顽固性心衰等方面具有较丰富的救治经验。在传染病预防和大学生健康教育方面，医院也积累了较丰富的经验，社区卫生服务站已获碑林区示范站称号，按照“六位一体”的办医方针正在开展各项医疗工作。

当前，在学校各级党政组织领导下，医院领导集体坚持用科学发展观指导医院各项工作，狠抓医院医德医风建设，采取各种措施，努力提高医院整体医疗的发展潜力，为建设集临床医疗、预防保健、健康教育、科学教研为一体的现代化医院而奋斗。