急腹症的诊断只有在鉴别诊断完成（即医生对各种可能进行充分分析、排除）后才能确立，这个过程要求医生专心于医学知识的全面掌握，在进行鉴别诊断时特别强调对常见急腹症，尤其是典型急腹症的特点必须详细了解，对其病变的特点、相关的病理生理变化等要了如指掌，同时在肯定和或排除的过程中遵循一定的步骤和程序，这样才能做到充分分析、全面考虑，不致遗漏重要的病史和体征以及有意义的线索，我们一般按如下的程序进行：
1.明确是否腹腔以外疾病引起的腹痛，也即急腹症仅仅是其他系统疾病的牵涉痛或放射痛，原发病变不在腹腔，如气胸大叶性肺炎、急性心肌梗塞、带状疱疹等；或系统性疾病在腹部的表现，如系统性红斑狼疮等。
2.是否内科急腹症，一般按照“一元论”的观点，先有发热后逐渐出现的急性肚子疼，多为内科急腹痛，不需要手术治疗，但是若肚子疼在先，而发热在后，则说明发热是肚子疼的一个伴随表现，预示多为外科急腹症，且往往需要手术治疗。
3.是否妇科急腹症，在女性患者，注意是否存在宫外孕、黄体破裂、卵巢囊肿蒂扭转、附件炎、盆腔炎、妊娠子宫破裂等妇科情况。
4.小儿科急腹症的鉴别：小儿的急腹痛疾病谱与成人不同，注意肠套叠、急性阑尾炎、肠系膜淋巴结炎等急性情况，尤其要注意腹型紫癜的误诊。
5.外科急腹症之间的鉴别：一般遇到的外科急腹症的约30多种，其中最常见的依次为急性阑尾炎、急性肠梗阻、急性胆囊炎或胆总管炎、溃疡病急性穿孔、急性胰腺炎等。这几种病几乎占全部外科急腹症的80％以上。虽然病种繁多，这些外科急性肚子痛大致可归于以下五大类：
①感染和炎症。
②空腔脏器的急性穿孔（自发性/外伤性）。
③腹腔内出血（自发性/创伤性）。
④空腔脏器梗阻。
⑤脏器缺血。
根据各自的特点，典型病变不难鉴别，但是疑难病变多为表现不典型、不充分，诊断困难，这时一方面需要医生注意仔细循证分析，同时请经验丰富的医师协助诊治，给予必要的观察及对证治疗，适当复查（包括补充追问病史、再次查体、重复某些化验或影像检查等），另一方面请患者朋友及其家属理解配合，尤其在病情观察过程中，不要轻易干扰医生的诊治过程，这样，经过医患双方协作，达到正确诊断治疗的目的。
受限于科学技术发展及医学总体水平，在实际临床工作中还存在这样一大类病人，他们因急性肚子痛而就诊，经非手术治疗而痊愈或缓解，但其中相当一部分最终仍未确诊，据国外大宗病例统计，这部分病人约占急腹症病人的1/3，世界胃肠病学会把这类诊断不明的急腹症称之为非特异性急性腹痛（non-spepcific acute abdominal pain，NSAP）。仅从这一点就可以看出，急腹症的准确诊断依然会是一个长期有待解决的问题，依然是医学界的一个挑战。
最后还有一点应注意，从医生的角度来讲，是否所有的急腹症都应按照“一元论”来分析呢？尤其是对于老年人群，本身就可能存在复杂的基础疾病状态。也许这次的急腹痛是基础疾病的腹部表现，勿需特殊处理，但也许情况恰恰相反，本次发作确属于外科急腹症，而且诱发原有的基础疾病加重，如空腔脏器急性穿孔，诱发患者发生急性心脏意外事件（如心肌梗塞等），若仅仅按照穿孔治疗，就一定会进一步加重基础疾病，并会引起严重后果，甚至导致患者死亡。因此，在某些非常规情况下，更应该进行全面考虑，综合分析，不能满足于仅仅得到一个所谓正确的诊断。
综上所述，患者朋友可能对急腹症的医学诊断过程有了一定的了解，我们希望患者对此有所了解是希望在整个诊疗过程中得到患者的充分配合与理解，并籍此强调医生的耐心问病史、细心体检及专心于医学知识掌握的重要性，通过医患双方的共同努力，使患者朋友得到正确的治疗。