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按照胆总管囊肿的分型，可以把胆总管囊肿分为Ⅰ-Ⅴ型，比较常见的Ⅰ型肝外胆管囊状扩张，手术可以把囊肿完整的切除，Ⅱ型胆总管憩室也可以把憩室进行局部切除，而不至于破坏胆管的完整性，对于以上两种，实际上手术后复发率是非常低的。如果胆总管末端囊肿以及肝内、肝外胆管同时存在扩张，囊肿累及到胰腺，广泛的进入到肝脏而导致囊肿无法完整的切除，对于Ⅴ型肝内胆管囊状扩张是肝内的胆管出现弥漫性的病变，对于这几型胆总管囊肿，手术很难达到根治，囊肿切除不全而导致复发的可能。另外胆总管囊肿有出现癌变的风险，有的患者在做胆总管囊肿时已经发现有恶性肿瘤的存在，对于这样的情况，手术后有可能出现癌变复发、转移的风险。