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如果胆总管囊肿手术后恢复顺利，一般不会影响生存时间，可以达到长期生存的效果，除非出现一些其他异常情况。1、术后出现并发症：就是胆总管囊肿手术后出现了相关的并发症，包括反流性胆管炎、胆肠吻合口的狭窄，胆肠吻合口结石形成等因素。针对这些因素需要进一步的处理，而针对没有办法通过手术治疗的并发症，长期反复存在，如反流性胆管炎，这种情况下，有可能在远期会诱发炎症、胆管壁增厚，甚至出现胆管癌的可能性，就会严重影响生存时间；2、胆总管囊肿剥离不干净：即胆总管囊肿剥离并没有完全切除干净，还有残余的囊端。残余的囊肿壁端有可能会出现恶变倾向，特别是在长期的过程中。所以针对这种情况下，也有可能会影响生存时间。但如果手术顺利、术后没有出现相关的并发症、囊肿剥离干净，这种情况下，并不会出现影响生存、预后的可能性，所以不需要过于担心。目前胆总管囊肿手术相对还是比较简单，除非存在一些特殊的情况。