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核磁共振在临床上的应用非常普遍、非常广泛，但是由于核磁共振的特点，它对于中枢神经系统、颅脑、脊髓、骨骼系统以及软组织显像特别清晰，特别是这些疾病的轮廓、边缘看得很清楚，使得医生特别喜欢使用核磁检查器官组织的疾病。 同时，现在核磁共振还有很多非常具体、非常明确的特性没有得到发挥利用，如可以看它的波谱，还可以看它的很多的具体利用的参数，这些在临床上还有待于研究开发。 核磁共振在临床上使用的比较广泛，如颅内疾患即大脑长了肿瘤或者出血、脑血管疾病，还有部分血管造影性的疾病，如颈动脉狭窄、脑血管畸形、动静脉瘘等，这些都是核磁检查很有特异性的项目。 同时，在肿瘤学上很愿意用核磁来检查部分肿瘤的边界。可以看清楚宫颈癌盆腔淋巴结的转移、软组织肉瘤在盆腔的淋巴结转移，在腹股沟、腋窝的、乳腺上的肿物边缘轮廓。 同时，核磁还有具体的应用，即可以看它的波谱。正常组织出现的波形，跟肿瘤出现的波形差距较大，同时出现非常不一样的图像，而且肿瘤恶性程度很高，这样就给医生非常好的提示，能有确切的诊断。