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肚脐两侧疼痛常见原因有以下几点：1、肠道异常：如小肠功能不全、肠道炎症、不完全性或完全性肠道梗阻等，均可以导致肚脐两侧疼痛；2、输尿管结石：肚脐两侧偏腹直肌外缘有输尿管，但同时出现疼痛较为少见，而输尿管结石会出现剧烈疼痛，较难忍受，同时伴有恶心、呕吐，甚至发热、腰痛，一般病情急剧发展，可能出现血尿；3、胃肠功能紊乱：如果为隐痛，则与胃肠功能紊乱有关，可适当吃益生菌调节肠道菌群，改善胃肠动力；4、其他：如果反复疼痛可进行CT检查明确有无器质性病变，结合排便习惯，如果是腹痛、腹泻，甚至黏液脓血便或反复腹痛，应考虑炎症性肠病，包括克罗恩病，以及溃疡性结肠炎等。