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引起婴幼儿腹泻的病因有感染因素和非感染因素，感染因素包括病毒、细菌、真菌、寄生虫等引起肠炎。非感染因素包括饮食或者喂养不当引起的腹泻，大多数为人工喂养的宝宝喂养不定时突然改变食物品种，过早喂淀粉类食物、脂肪类食物、果汁，特别是含有高果糖或者山梨醇的果汁。喂一些肠道刺激物，如调料、富含纤维素的食物也可以引起婴儿腹泻。食物过敏、牛奶蛋白过敏也是腹泻的常见原因。双糖酶缺乏、肠道对糖消化吸收不良也可以引起腹泻。还有其他因素如气候因素，气候变化以后，腹部受凉或肠蠕动增加，天气过热，消化液分泌减少，或口渴、喝奶过多，都可以诱发肠功能紊乱而引起腹泻。