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恶性胃肠道间质瘤手术后是否会复发，与多种影响因素有关，包括肿瘤性病灶、肿瘤大小等。1、与患者的肿瘤性病灶有关：比如患者的胃肠道间质瘤虽然是恶性的，但体积相对较小，而且比较孤立，手术的时候没有造成肿瘤的破裂并完整切除，且手术医生比较仔细、动作轻柔，这种情况下手术后结合口服的甲磺酸伊马替尼等药物，可以较好控制肿瘤的复发和进程，部分患者确实就没有复发；2、与肿瘤大小有关：如果患者的恶性胃肠道间质瘤体积较大，在手术操作过程中造成了肿瘤的破裂，则会引起患者整个腹腔弥漫性转移和扩散，此时手术后会伴有肿瘤的反复发作。即便口服甲磺酸伊马替尼等靶向治疗，也会造成肿瘤复发。另外，如果体积较大的胃肠道间质瘤，即便术中没有发生破裂，但由于恶性程度较高，手术切除之后的复发风险仍然会明显增加。这种情况需要患者在服用靶向药物的过程中密切复查，比如彩超或者CT。一旦发现肿瘤有复发的迹象，必要时可以考虑二次手术，尽量避免严重并发症的发生