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无痛结肠镜检查过程一般无不适感，但普通结肠镜检查痛苦较大。正常人体结肠约长2m，甚至更长，肠道存在弯曲，包括乙状结肠、肝区、脾区，弯曲部位角度较大，检查较困难，患者痛苦较大。若患者接受过腹部手术、绝育手术，存在腹部炎症、腹膜炎病史，易存在腹腔粘连，进行结肠镜检查则较为痛苦。此外，医生操作手法同样影响该项检查的痛苦情况，但主要与患者肠道情况及肠道敏感度相关。