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大部分结肠镜检查并不痛苦，比较痛苦的病人一般很消瘦，结肠非常游离，难以固定，或者是曾经存在过腹部炎症病史，或者腹部手术史，腹腔有广泛粘连的病人，由于腹腔广泛粘连，肠难以短缩，因此在肠镜过程中就往往感到不适，出现疼痛的情况。 对于严重肥胖的病人，由于病人严重肥胖，肠腔过宽，这种病人也难以通过勾拉的方法进行肠管的缩短，肠镜比较费力、困难。由于做结肠镜的时间比较长，向内部注气可能也比较多，病人会出现疼痛、腹胀等一系列不适的感觉，但是绝大多数病人做结肠镜检查时只会存在轻度腹胀，不会存在明显的不适感。