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巧克力囊肿是子宫内膜异位囊肿，一般正常子宫内膜在宫腔，有的病人因发生外在型子宫内膜异位症引起。外在型子宫内膜异位症是指有正常功能子宫内膜生长至卵巢，随月经周期子宫内膜剥脱、出血形成巧克力囊肿，也叫子宫内膜异位囊肿。该类囊肿多数表现为双侧卵巢都发现，可导致盆腔、输卵管粘连，引起不孕症。卵巢囊肿来源较多，如上皮性卵巢囊肿、浆液性卵巢囊肿、黏液性卵巢囊肿、生殖细胞、性索间质细胞、转移性肿瘤等良性、恶性、交界性肿瘤。卵巢囊肿一般在腹腔中，比较轻，活动度较好，不像巧克力囊肿可导致盆腔广泛粘连，这是最主要、最大区别。