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巧克力囊肿和卵巢囊肿的区别如下：1、巧克力囊肿：指子宫内膜异位囊肿，正常的子宫内膜生长在子宫腔内，由于某一些机制导致它种植到子宫腔以外的部位，发生子宫内膜异位症，常见的种植部位是卵巢。当子宫内膜种植到卵巢的时候，会发生周期性增生、脱落，月经来潮前囊肿有出血，形成巧克力囊肿，属于病理性的囊肿，需要进行手术解决；2、卵巢囊肿：包含类型比较多，有生理性卵巢囊肿、病理性卵巢囊肿。正常情况下，卵巢每个月排一个卵，排完卵后形成黄体，黄体组织萎缩，黄体萎缩过程中形成一个较小的囊性病变，称为生理性囊肿。在月经来潮以后，可以减小或消失。病理性囊肿有持续存在的囊肿，有良性囊肿，比如浆液性或黏液性囊腺瘤。也有恶性囊肿或者皮样囊肿，巧克力囊肿属于卵巢囊肿的一种，但不等同于卵巢囊肿。