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直肠间质瘤基因检测五年前费用一般是在3000块钱左右，而近期随着分子生物学发展，其费用应该有所降低。对于直肠间质瘤来说，通常检测基因只需要C-KIT和PDGFR相关的六个位点就可以了。随着这几年对于直肠间质瘤的更多了解，逐渐把基因检测位点增加了，所以如果检测基因项目越多，花费就越高，对于常见基因来说，这几年应该是在3000块钱以内，但是如果需要进一步做更多基因检测，可能花费要多。而对于直肠间质瘤来说，医生建议所有患者都应当做基因检测，主要是因为基因检测不仅涉及到患者是否对靶向治疗药物有效问题，还涉及到对于某些患者来说，其靶向治疗药物是不是需要增量的问题。所以对于直肠间质瘤，建议都需要做基因检测，以确定是否适合靶向治疗药物，或者是需要提高靶向治疗药物剂量。而对于原发耐药患者，还应当直接跳过一线靶向治疗药物，可以适当地选择二线靶向治疗药物。所以基因检测是非常必要且重要。