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正常情况下，尿中经常可出现晶体，甚至微小结石，如果没有泌尿系梗阻的情况下，它们很容易从尿中顺利排出。但是存在泌尿系梗阻的情况，会导致尿液引流不通畅，使晶体及微小结石滞留在尿液中，进一步发展成为肾结石及输尿管结石。如常见的先天性梗阻，包括肾盂输尿管梗阻、海绵肾，后天性梗阻如前列腺增生症、尿道狭窄、膀胱颈挛缩等，这些疾病都常合并有结石。梗阻易发结石的原因还由于常合并有泌尿系感染，而泌尿系感染又是形成尿石症的重要原因。