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鼻咽拭子检测是否会疼可能因人而异，有些人可能会感觉到很明显的不适或者疼痛。鼻咽拭子的检查主要是通过一个棉花棒插入到鼻咽深处在鼻咽部进行采样，也就是咽部的上方。这个过程中一般是用专用的鼻咽拭子，也就是棉棒，相对比较偏软，方便在鼻腔里的插入。棉棒在插入的过程中可能会有一些酸胀不适，或者与周围的黏膜摩擦会有疼痛的感觉，肯定取样的过程要比普通的咽拭子症状重一些，不适感更强一些，但是一般可以耐受。有一些鼻腔结构畸形的患者，特别是鼻中隔偏曲或者鼻甲肥大、鼻腔狭窄的患者，在进行鼻咽拭子的时候通过比较困难，可能有部分患者会要换另外一侧的鼻腔。总之如果经过比较狭窄的地方，摩擦力比较大，患者就更加的痛苦一些。