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四联疗法对于大部分患者没有特殊危害，如果存在明确危害，不可能成为标准根除幽门螺杆菌治疗方法。药品说明书可提示会产生一定副作用，但相对发生概率较低，比较安全。抗生素应选择合适剂量，药物一般均会存在副作用，如服用克拉霉素出现口苦等，部分患者服用阿莫西林后，可能出现皮疹、药疹等药物过敏表现。此外，可选择兼有杀灭幽门螺杆菌作用的铋剂，服用铋剂后，可能会出现大便颜色发黑，而且部分患者可出现大便次数增多，一天解3-4次，甚至7-8次大便，出现类似腹泻症状。出现较严重不良反应，如服用后出现明显不适，如药疹、恶心、呕吐等情况时，应停止服药，但是大部分患者都可以耐受四联疗法。