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脑积水与脑萎缩不同，首先需要进行鉴别诊断。脑积水患者的脑组织本身没有萎缩，只是脑室会扩大，属于主动的过程；脑萎缩主要是因为脑组织本身的萎缩，从而导致脑室的被动扩张。 对于脑积水主要是通过手术的方式进行治疗，在早期可能会进行药物治疗，比如常用的乙酰唑胺。但乙酰唑胺在长期的评估随访过程中效果并不理想，所以逐渐不被采用。现在对于脑积水的治疗方式主要是脑室-腹腔分流术、腰大池腹腔分流术、神经内镜治疗、脑室心房分流术等。 对于脑萎缩而言，目前没有绝对有效的治疗方式。而出现脑萎缩或者是脑积水的原因有多种，所以首先需要治疗原发疾病，并且在治疗原发疾病的基础上更有效地治疗脑积水和脑萎缩。脑萎缩后期主要是采用药物和高压氧等康复手段来达到有效治疗的目的。