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囊肿和脂肪瘤的来源不同，具有本质区别，且性质亦有所区别，囊肿为囊性肿瘤，脂肪瘤是实性肿瘤，具体如下：1、囊肿：作为体表肿物，常见为皮脂腺囊肿，俗称粉瘤。一般是由于毛囊下的皮脂腺分泌受阻，瘀滞在毛囊下方，形成的潴留性囊肿，囊肿内部实际是没有长期分泌出浓缩、凝固的皮脂腺，为良性肿瘤。在部分因素刺激下，如压迫、感染、摩擦、细菌入侵等情况，可导致局部的感染；2、脂肪瘤：主要是来自于皮下的实性肿瘤，一般是脂肪组织的瘤样增生，包膜比较完整。脂肪瘤基本上是良性，患者一般没有症状，少部分患者会有疼痛表现，通常不会发生感染。若脂肪瘤位置较深，一般为肌间脂肪瘤或深部脂肪瘤，具有一定的恶变风险，所以对于有肌间脂肪瘤的患者，需要做手术切除，防止恶变的发生。