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新生儿心脏5mm小孔能不能自愈，取决于5mm小孔长的部位，具体如下：1、房间隔：如果长在房间隔，而且是房间隔中部，即中间继发孔型的5mm房间隔缺损，则完全可以治愈，而且治愈几率非常高，3岁以内80%-90%能够自己长上，能够自愈；2、主动脉与肺动脉之间：属于动脉导管未闭，自愈的可能性非常小，因为主动脉和肺动脉之间的压力差非常大，5mm小孔持续有高速血流经过，很难使未闭的动脉导管收缩再长上，因此自愈可能性非常小；3、室间隔：称为室间隔缺损，还分成干下型、肌部、膜周部，对于肌部和膜周部的室间隔缺损，5mm有自愈的可能性，自愈几率大约是60%-70%，一般在4岁以内可以自愈，可以动态观察。如果是干下型，长在主肺动脉瓣下，就没有自愈的可能性，需要尽早采用手术治疗的方式关闭。