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胃肠道间质瘤在治疗过程中，应注意以下几个方面：1、基因检测：胃肠道间质瘤是由KIT和PDGFRα这两个基因驱动导致的一类疾病，基因检测的具体突变位点可以指导用药，而且与药物的疗效相关，如大多数的KIT或PDGFRα基因突变的胃肠道间质瘤，一线的伊马替尼敏感，选择伊马替尼进行新辅助治疗或者辅助治疗可以获益。但是在KIT或PDGFRα未发生突变的情况下，此时伊马替尼可能不能够带来临床获益，需要进一步明确突变的情况，选择最佳的治疗方案；2、影像学检查：影像学检查的频率随着治疗阶段的不同有所改变，在治疗初期，为了验证药物的疗效，检查的频率要高，一般2-3个月一次。在疾病稳定之后，可以半年左右复查一次，规律的影像学检查可以帮助患者及时发现耐药的发生，及时发现新的病灶，及时进行有效处理；3、不良反应的管理：患者在药物治疗过程中往往会发生不良反应，包括水肿、恶心、呕吐、皮疹、乏力、腹泻等，有些不良反应可逆，可以控制，但是严重的不良反应，可能会导致患者不能够耐受，可能会导致治疗中断，甚至危及生命，因此治疗过程中出现不良反应，要及时联系主治医师，进行及时处理。