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肝内胆管结石形成的原因，医学上并没有特别统一和明确的说法，目前认为常见的原因有以下几个大类：1、遗传和发育相关：肝内胆管就像树的树根一样密密麻麻，分支非常多，可能在发育的过程中，某一只细小的胆管在发育过程中成角比较大，这时胆汁流通相对不太顺畅，这时可能成角的位置容易在胆汁滞留后形成小结石。在临床也发现可能有遗传相关因素，就是家里的父辈、母辈、父母肝内胆管结石形成几率高，可能孩子的几率相对也高，但具体因素并不是特别清楚，可能和遗传、发育相关；2、感染：感染的原因很多，可以是胆管的细菌感染或者是寄生虫感染，或者是因为某些原因引起的小损伤等。感染后组织可能会出现坏死，坏死以后，机体在修复的过程中钙盐会沉积到里面，而形成一些非常小的钙化灶；3、其他原因：如饮食、生活习惯，或者地域、水的质量相关，可能有些地方高脂饮食、胆固醇的摄入含量比较高，可能胆汁的成分相对会失衡，和肝外胆管结石、胆囊结石形成的因素非常相似，和饮食、水质可能相关。