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碱性磷酸酶降低有多种病因，出现碱性磷酸酶偏低，主要见于儿童和孕妇，如儿童的甲状腺功能减退症、呆小症，都可以造成血里的碱性磷酸酶降低。另外，严重营养不良、低蛋白血症，甚至严重的病毒性感染消耗，也可以造成碱性磷酸酶降低。有些碱性磷酸酶降低，在儿童身上主要包括，如乳糜泻，甚至某些遗传因素造成的先天性低碱性磷酸酶血症。碱性磷酸酶血症如果诊断后，先要治疗原发性疾病，如果甲状腺功能减退，使用甲状腺激素替代治疗。如果是病毒感染，要注意加强营养、支持治疗。若是先天性的低碱性磷酸酶血症，主要是进行对症治疗。