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葡萄球菌肺炎的首选药物是要选择针对葡萄球菌敏感的抗生素，近年来由于葡萄球菌对于青霉素的耐药率可以达到90%以上。所以葡萄球菌肺炎选择的抗生素，一般要选择半合成青霉素或者是头孢类抗生素，而在以上的基础上联合氨基糖苷类抗生素也有良好的疗效。对于氨苄西林、阿莫西林与酶抑制剂的联合制剂，对葡萄球菌肺炎也是有效的。对于耐药的金葡菌的治疗，例如耐药金葡菌，也就是MRIC的治疗，通常要选用万古霉素、替考拉宁、利奈唑胺等药物。葡萄球菌肺炎是由葡萄球菌引起的肺部感染性炎症，葡萄球菌分为凝固酶阳性的葡萄球菌，主要指的是金黄色葡萄球菌。还有凝固酶阴性的葡萄球菌，例如表皮葡萄球菌和腐生葡萄球菌。​所以葡萄球菌引起的肺炎也是分类型的，选择的药物也不完全相同。对于耐药的金黄色葡萄球菌，才会选用万古霉素、替考拉宁、利奈唑胺等药物。