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肾结核的影像学诊断包括B超、X线、CT和磁共振，肾结核的B超检查比较方便、快捷，通常用于疾病的筛查。对于中晚期的肾结核，B超可以显示出患侧肾脏结构的紊乱，如果有钙化灶会出现强回声，同时B超可以发现对侧的肾积水以及膀胱的挛缩情况。但是也有研究显示，B超对肾结核的诊断并没有太多的临床价值，在肾结核的诊断，主要依赖的是其他方面的影像学检查，比如静脉肾盂造影，可以显示早期的肾盂、肾盏的不光滑。​随着疾病的进展，会造成肾盂、肾盏的变形，局部可以出现钙化灶，通常需要和肾结石进行鉴别。随着疾病的进一步进展，肾脏的破坏，患侧肾脏可能出现不显影，因此可以初步判断肾脏的功能情况。而CT检查在中晚期的肾结核诊断当中，要优于静脉神经造影，通常可以显示患侧扩大的肾盂、肾盏、皮质的空洞，还有就是钙化灶，三维成像可以显示输尿管全长的病变，磁共振水成像对于肾结核的诊断也有很重要的临床价值，对于患肾不显影的静脉肾盂造影的患者，通常CT和磁共振水成像是有益的补充。