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阴道菌群失调的症状多与阴道炎症状非常类似，可表现阴道局部干涩、瘙痒、红肿、疼痛、性生活异常不适。并可表现为白带异常，比如颜色、量以及质地的变化，以上症状均由阴道菌群失调所造成。大部分阴道菌群失调则是由于治疗阴道炎时选择药物不当所引起，即医源性菌群失调。 阴道炎可由不同的细菌和病原菌感染所造成，比如霉菌、念珠菌性阴道炎由白色念珠菌造成，滴虫性阴道炎由滴虫造成，细菌性阴道病则是由于细菌感染引起。发生阴道炎时，需要明确病原菌类型，且针对病原菌采用特异性的药物进行治疗。若采用广谱抗生素或者广谱杀菌剂，其不仅对正常致病菌有杀灭作用，对阴道正常菌群亦可起到杀灭作用。这种情况则会导致反复复发，并导致菌群失调。正常的菌群对于抑制阴道炎发作具有非常重要的作用，所以应尽量避免采用广谱抗生素或消毒剂、杀菌剂治疗阴道炎，而要采用窄谱抗生素进行治疗。