卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚，但与以人工流产为主的宫腔手术有着密切关系。因此，落实避孕措施，杜绝人工流产，有助于预防卵巢巧克力囊肿的发生。
因此确诊为卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效，这对防止卵巢巧克力囊肿的复发有着重要意义。
由于卵巢巧克力囊肿破裂流至盆腔内的是陈旧积血，并非大量新鲜出血，除腹痛外，通常不会影响生命体征，不会出现休克。有人认为，既然不会危及生命，能否采取不手术的保守治疗，使患者免受手术之苦。其实不然，保守治疗后，囊壁破口愈合了，症状消失了，但不久又有可能发生自发破裂。如此反复发作、受苦，且发作次数越多，引起的盆腔粘连越重，盆腔粘连引起的腹痛等症状，更会使她“雪上加霜”，苦不堪言。
较小的卵巢巧克力囊肿原因，通常不易发生破裂。卵巢巧克力囊肿原因的药物治疗效果差，难以消除巧克力囊肿，当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加，它长到一定大小，自发破裂常难以避免。因此，它的确是藏在盆腔内的“炸弹”，说不定何时会发生“爆炸”。
卵巢巧克力囊肿原因随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行愈合。经过若干时间后，囊内积血再次增多、压力再次增大时，又可发生自发性破裂。囊肿破裂后流至盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，并可造成盆腔器官的粘连。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发破裂，粗暴或剧烈的性生活，尤其是经前期性生活，常是常见的导致囊肿破裂的重要诱因。
卵巢巧克力囊肿，又称卵巢内膜异位囊肿，是因子宫内膜“飘洋过海”，“移民”到卵巢内引发的一种疾病，它是子宫内膜异位症中最常见的一类，与肿瘤性质的卵巢囊肿有本质的区别。子宫内膜“移民”到卵巢内后，仍受卵巢性激素的周期性影响。当月经来潮时，“侨居”卵巢内的异位内膜也会发生“月经”样出血，“经血”无法排出体外，只得潴留在卵巢内。脱落于“经血”中的异位内膜像种子一样，继续种植于卵巢内，就是如此周而复始的循环，月复一月，年复一年，潴留于卵巢内的“经血”越积越多，就形成了由小到大的囊包，医学上称为“卵巢内膜异位囊肿”，由于囊肿内的血是长期潴留的陈旧血，外观呈巧克力糊状，故又称为“卵巢巧克力囊肿”。
据专家介绍，超声介入治疗单纯卵巢囊肿，方法简单安全，疗效确切，无明显副作用，复发率低，尤其适用于年轻未育妇女。但该法不大适合卵巢巧克力囊肿。
介入治疗一般在月经干净后进行。在阴道B超监视下穿刺卵巢囊肿，抽吸囊内液，并向囊腔内注入无水乙醇，同时对囊内液进行检验。该科从1999年以来，已用此法治疗160名病人，均穿刺成功，平均介入治疗时间为13分钟。148名患者囊内液完全吸净，另12名有部分残留，但体积小于原体积的1/2。随访1年，复发率为13.9％，以巧克力囊肿复发为多，复发均在治疗后6个月内。囊内液检查均未见瘤细胞。
卵巢囊肿是妇科常见病症，一般采用观察疗法或手术治疗。手术治疗创伤大，但如切除一侧卵巢，则可能影响女性内分泌状态，易发生月经紊乱、不孕和卵巢早衰等症。西京医院妇产科在介入治疗前首先向患者及家属介绍超声波介入治疗卵巢囊肿的方法和优、缺点，征得患者同意和配合。
