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对于胃肠道小间质瘤可定期随访观察，对于较大间质瘤需考虑手术治疗。手术切除为治疗胃肠道间质瘤的主要治疗方式，也可进行药物治疗。肿瘤晚期可进行药物治疗，如伊马替尼对于胃肠道间质瘤的针对性较强，效果较理想。特殊情况时可应用伊马替尼控制转移瘤，再进行手术治疗，效果较理想。 通常手术切除后需进行病理检查，根据病理结果分为低危、中危、高危。低危患者访观察即可，中危及高危患者需口服伊马替尼预防2-3个月，若药物失效，可更新药物。长时间服用药物可导致患者产生耐药性，可应用艾坦治疗，效果较理想。