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肝脏是胃肠道间质瘤常见的转移部位，恶性胃肠道间质瘤肝转移的患者，常见的治疗方法是手术治疗联合靶向药物治疗。靶向药物治疗首选的一线药物是伊马替尼，伊马替尼耐药后可以换用二线药物舒尼替尼，并可与肝外科同时合作，将肝脏转移瘤切除。对于身体状况较差、高龄、肝功能异常等不能耐受手术的患者，射频消融术、介入栓塞也是可以作为治疗的手段之一。但手术如何做、什么时候做，还是要由经验丰富的胃肠道间质瘤专科医生进行判断，且肝转移瘤的个数、分布、大小，与重要血管的毗邻关系，切除后残肝的体积，都是影响手术规划的重要因素。对于满肝转移的晚期胃肠道间质瘤患者，如果靶向药物能够维持疾病稳定状态3-6个月，也可以考虑肝移植手术。胃肠道间质瘤肝转移，尤其是多发转移的患者，如果出现肝功能失代偿，即疾病发展到一定程度，超过了肝功能的代偿能力，患者已经出现腹水等症状，此时可以进行姑息治疗，以减轻痛苦、提高生活质量为主要目标。