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肠结核治疗主要以口服抗结核药物为主，或辅以营养支持治疗。因为结核病属于慢性消耗性疾病，需取得大量营养支持，才能取得较好预后。如果通过内科保守治疗无效，而患者继发肠梗阻，甚至溃疡、破溃，引起腹腔穿孔，造成肠之间的瘘道形成，则需进行手术治疗。通过将部分病变肠管切除，如果累及到升结肠或结肠部位，可能还要进行右半结肠切除，对于肠梗阻范围较大，甚至有合并肿瘤，或多发溃疡，可能会在Ⅰ期进行造瘘，治疗2-3个月后，待腹腔脓肿、溃疡及各方面炎症消退以后，再进行Ⅱ期肠管还纳，或消化道重建。