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针对胃肠间质瘤的靶向药物，目前临床上常用的有以下几种：1、伊马替尼：临床应用比较早，这种口服的靶向药物主要针对一些晚期不能手术的患者，或者是术后复发转移风险高的患者。一般建议长期的服用这种药物来控制胃肠间质的发展；2、瑞戈非尼：对于依马替尼耐药后的患者，可以二线使用瑞戈非尼这种靶向药物来继续进行治疗。瑞戈非尼主要通过抑制肿瘤血管新生，从而一定程度上控制肿瘤的发展；3、舒尼替尼：除了瑞戈非尼，还可以考虑口服舒尼替尼这种靶向药物来进行治疗，可以靶向肿瘤表面的蛋白，从而对于肿瘤细胞的生长增殖具有一定的抑制作用。这三类靶向药物都具有一定的针对性，主要是针对肿瘤细胞，对于人体正常细胞的损伤比较小。因此大多数情况下，患者都是可以耐受的。但是这些药物也会出现高血压、皮疹、腹泻等副作用，因此临床需要专业医生指导方可使用。